W początkowym etapie rebelii samoloty miały takie same oznaczenie jak samoloty republiki – czerwono-żółto-fioletowe kokardy, a przysłane 28 lipca 1936 włoskie samoloty nie miały żadnych oznaczeń. Niemieckie samoloty transportowe miały zazwyczaj niemieckie rejestracje cywilne.

 W pierwszej połowie sierpnia pojawił się nowy sposób oznakowania maszyn polegający na namalowaniu na górnych i dolnych powierzchniach skrzydeł czarnych krzyży św. Andrzeja..

Przez cały okres wojny domowej nie było jednolitych przepisów dotyczących malowania samolotów, dlatego spotkać można było wiele ich sposobów. Krzyże św. Andrzeja malowano na sterze kierunku lub na całym stateczniku. Malowane były na białym podkładzie lub bezpośrednio na kamuflażu. Na kadłubie, a później po obu stronach płatów malowane były czarne koła o średnicy 700, 900 i 1200 mm, czasami wewnątrz koła malowany był biały krzyż św. Andrzeja. Stosowano też wariant malowania na końcach płatów nie jednego ale dwóch symetrycznych kół o mniejszej średnicy. Tak pomalowany były niektóre He-51 B i He-45. Dodatkowymi elementami oznakowania były pasy o szerokości 150-200 mm, malowane poprzecznie po obu stronach płatów. Pasy na ciemnym tle malowane były kolorem białym, a na jasnym czarnym. Elementem szybkiej identyfikacji było malowanie końcówek skrzydeł na kolor biały.

Samoloty Legionu Condor w początkowym okresie malowane były trzema sposobami.

1. Cały samolot malowany jasnoszarą farbą. RLM 63 (FS 36440/36442)

2. Po kilku miesiącach zmodyfikowano malowanie pokrywając dolne powierzchnie kolorem Hellblau RLM 65 (FS 35414)

3. Wodnosamoloty Legionu Condor typu He-59 B, He-60 C, Ar-95 W malowane były w całości kolorem RLM 02 (FS 34226)

Pod koniec grudnia 1936 do Hiszpanii sprowadzono samoloty Hs-123 A-1 pomalowane według nowego schematu stosowanego w Luftwaffe. Polegającym na pomalowaniu górnych i bocznych powierzchni plamami o ostrych łamanych krawędziach w kolorach: szarozielonym Hellgrau RLM 63 (FS 34518), seledynowozielonym Grün RLM 62 (FS 34128), ciemnobrązowym Dunkelbraun RLM 61 (FS 30109/30177). Dolne powierzchnie malowano kolorem Hellblau RLM 65 (FS 35414).

Ostatnim typem kamuflażu było malowanie wprowadzone przez Luftwaffe w 1938 polegające na pomalowaniu górnych i bocznych powierzchni dwoma odcieniami zieleni, ciemnozielonym Schwarzgrün RLM 70 (FS 34056) i ciemnozielony Dunkelgrün RLM 71 (FS 34079), a dolne powierzchnie były pomalowane kolorem Hellblau RLM 65.

Samoloty z dostaw włoskich były najczęściej pozostawione w kamuflażu producenta, nanoszono jedynie oznakowanie.

Spotykane też były odstępstwa od tych zasad dokonywane w warunkach polowych.